De afdeling Haven- en Waterbeleid plant het havenbeleid en de Lange Termijnvisie voor de Schelde, en werkt aan het integraal waterbeleid en het scheepvaartbeleid, dit alles in regionale en internationale context.
Deze afdeling is samengesteld uit de vroegere 'afdeling Beleid Havens, Waterwegen en Zeewezen' en 'afdeling Vlaamse Nautische Autoriteit'.